A position is available in the Research Group Quantitative Virology at Łukasiewicz-PORT. We are looking for a highly enthusiastic person to strengthen our interdisciplinary team in exciting research combining state-of-the-art genetic approaches with advanced molecular and physiological readouts. In this project, we aim to investigate the molecular basis of HIV-1 antisense transcripts associated with its latency. We will manipulate barcoded wildtype HIV-1 and conduct experiments using several “omics” technologies, including B-HIVE, RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, MNase-seq, HIV-1-capture HiC followed by high-throughput sequencing to characterize the molecular microenvironments of the latent HIV reservoir, especially those harboring proviruses at a deeper level of latency. Lastly, we will integrate these multidimensional datasets generated in this project to establish a deep learning-based quantitative model, enabling the prediction of the likelihood of the molecular microenvironments of the latent HIV reservoir.

Expectations:

• M.Sc. degree (or final year of MSc studies) in biological sciences or related field supported with at least 1 year of hands-on laboratory experience.
• Excellent interpersonal and communication skills.
• Very good work organization and time management.
• Experienced to work in interdisciplinary teams.
• Conscientiousness and accuracy.
• Professional level of English.
• Experience in cell culture.
• Experience in molecular biology techniques (molecular cloning, PCR, RT-PCR, qPCR).
• Enthusiastic about learning (new knowledge and techniques).

• Viral manipulation, including viral transduction and transfection
• Cell culture.
• Perform molecular biology techniques, including PCR, RT-PCR, qPCR, and prepare high-throughput sequencing libraries.
• FACS sorting.
• Participate in writing the manuscript
• Data analysis, interpretation, visualization.
• Keeping an industry-standard work documentation.

Stanowisko finansowane przez Narodowe Centrum Nauki w ramach konkursu „OPUS 22”, realizowanego w ramach umowy grantowej nr UMO-2021/43/B/ST8/01924 – projekt „Badania nad mikrobiologicznym mechanizmem zwiększania produkcji biometanu z bioodpadów przez typowe materiały węglowe”.

Grupa Badawcza Immunoterapii w Sieci Badawczej Łukasiewicz – PORT Polskim Ośrodku Rozwoju Technologii poszukuje post-doca do realizacji projektu finansowanego przez Narodowe Centrum Nauki (NCN) pn.: Analiza skuteczności immunoterapii glejaka z wykorzystaniem limfocytów T gamma-delta.

Kandydat musi spełniać wymagania Regulaminu Projektów NCN, w szczególności: Na stanowisku post-doc może być zatrudniona osoba, która uzyskała stopień naukowy doktora w roku zatrudnienia w projekcie lub w okresie 7 lat przed dniem 1 stycznia roku zatrudnienia w projekcie (okres ten może ulec wydłużeniu w niektórych przypadkach) oraz spełnia wymogi formalne Narodowego Centrum Nauki określone w regulaminie przyznawania środków na realizację zadań finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki w zakresie projektów badawczych w ramach konkursu.

• Realizacja zadań badawczych związanych z projektem.
• Opracowywanie oraz interpretacja wyników badań.
• Współpraca z zespołem badawczym przy interpretacji danych i planowaniu kolejnych eksperymentów.
• Przygotowywanie zestawień danych, raportów i materiałów do prezentacji wewnętrznych i zewnętrznych.
• Udział w opracowywaniu materiałów do publikacji naukowych i dokumentacji projektowej.
• Dbanie o wysoką jakość i rzetelność przetwarzanych danych badawczych.

Stanowisko dotyczy realizacji zadań w ramach projektu Teaming for Excellence – P4Health, a także kluczowych KPI związanych z procesami biobankowania. Jest to stanowisko wspierające realizację projektu badawczego i  odegra kluczową rolę w opracowaniu narzędzi wspierających procesy badawcze i decyzyjne, umożliwiających badaczom eksplorację danych biobankowych w sposób interaktywny i intuicyjny.

• Tworzenie modeli o klasyfikacji oraz analizy danych biobankowych
• Opracowanie metod łączenia danych biologicznych, klinicznych, demograficznych i obrazowych
• Wdrażanie środowiska obliczeniowego umożliwiającego przetwarzanie dużych ilości danych
• Tworzenie i rozwój narzędzi wspierających analizę danych
• Walidacja i testowanie opracowanych modeli
• Współpraca z Zespołem badawczym, klinicystów

Osoba zatrudniona na tym stanowisku będzie odgrywać kluczową rolę w realizacji projektu w ramach konsorcjum RCMC, odpowiadając za zarządzanie cyklem życia danych – w szczególności danych obrazowych – oraz za wdrożenie i administrację systemem biobankowania. Do zakresu obowiązków będzie należeć również generowanie i analiza obrazów histopatologicznych.

Stanowisko to jest niezbędne z uwagi na konieczność zapewnienia pełnej zgodności, spójności oraz funkcjonalności systemu biobanku, obejmującego zarówno dane dotyczące próbek biologicznych, jak i powiązane z nimi dane obrazowe.

• Czyszczenie danych, zapewnianie dokładności, spójności i kompletności.
• Przygotowanie baz danych do dalszych analiz.
• Digitalizacja preparatów histopatologicznych i analiza obrazów histopatologicznych.
• Wsparcie techniczne w projektach badawczym (RCMC ABMPath).
• Tworzenie skryptów i narzędzi wspomagających przetwarzanie danych biomedycznych.
• Współpraca z zespołami interdyscyplinarnymi (bioinformatycy, naukowcy).

In this project, we aim to investigate the molecular basis of HIV-1 antisense transcripts associated with its latency. We will manipulate barcoded wildtype HIV-1 and conduct experiments using several “omics” technologies, including B-HIVE, RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, MNase-seq, HIV-1-capture HiC followed by high-throughput sequencing to characterize the molecular microenvironments of the latent HIV reservoir, especially those harboring proviruses at a deeper level of latency. Lastly, we will integrate these multidimensional datasets generated in this project to establish a deep learning-based quantitative model, enabling the prediction of the likelihood of the molecular microenvironments of the latent HIV reservoir.  The candidate will be involved in above in daily task.

• Viral manipulation, including viral transduction and transfection
• Cell culture
• Perform molecular biology techniques, including PCR, RT-PCR, qPCR, and prepare high-throughput sequencing libraries
• FACS sorting
• Participate in writing the manuscript
• Participate lab activities (e.g., lab meeting and journal club and so on)
• Data analysis, interpretation, visualization
• Keeping an industry-standard work documentation.

Celem stanowiska jest zapewnienie zgodności finansowej i administracyjnej realizowanych projektów z obowiązującymi przepisami, wytycznymi instytucji finansujących oraz wewnętrznymi procedurami instytutu.

Osoba zatrudniona na tym stanowisku będzie podlegać Kierownikowi Działu Rozliczania Projektów i współpracować z zespołami projektowymi, departamentem finansów i księgowości, departamentem HR oraz biurem prawnym. Będzie pełnić kluczową rolę w zapewnieniu prawidłowego rozliczania projektów, wspierając zespoły badawcze w zakresie finansowym i administracyjnym. Zadaniem osoby zatrudnionej będzie wsparcie zespołu w zakresie rozliczania i monitorowania projektów finansowanych ze źródeł zewnętrznych, takich jak fundusze unijne czy krajowe programy badawcze.  Szukamy osoby skrupulatnej, dobrze zorganizowanej, z doświadczeniem w pracy z projektami dotowanymi, która potrafi łączyć wiedzę finansową z umiejętnością interpretacji dokumentacji projektowej i przepisów.

• Monitorowanie i zarządzanie grupą projektów.
• Nadzór wszystkimi etapami realizacji projektów, włącznie z planowaniem, wdrażaniem i monitorowaniem postępów projektów.
• Zapewnienie zgodności projektów z obowiązującymi przepisami prawnymi oraz regulacjami dotyczącymi finansowania.
• Bieżący monitoring wykorzystania budżetu i alokacja zasobów.
• Ocena kwalifikowalności kosztów i zatwierdzanie wydatków w projektach.
• Prowadzenie dokumentacji projektowej i archiwizacja dokumentów związanych z projektami.
• Przygotowywanie raportów/sprawozdań/wniosków o płatność dot. postępów realizacji projektów i wykorzystania środków finansowych.
• Przygotowywanie wniosków o zmiany w realizowanych projektach.
• Przygotowywanie dokumentacji projektowych do kontroli wewnętrznych, zewnętrznych oraz audytów.
• Opisywanie dokumentów finansowych związanych z realizacją projektów pod kątem zgodności z harmonogramem i budżetem projektów.

Stanowisko dotyczy realizacji zadań w ramach projektu Teaming for Excellence – P4Health oraz projektu badawczego w obszarze BIA-ALCL, a także kluczowych KPI związanych z procesami biobankowania. Jest to stanowisko wspierające realizację projektu badawczego, obejmujące zarówno procesy laboratoryjne, jak i opracowywanie materiału biologicznego (krwi i innych próbek biologicznych, jak i implantacyjnego) zgodnie z obowiązującymi procedurami jakości i standardami pracy Biobanku.

• pobieranie i zabezpieczanie kolekcji materiału biologicznego (m.in. krew, inne próbki kliniczne)
• właściwe oznakowanie, ewidencjonowanie i przekazywanie próbek do Biobanku zgodnie z obowiązującymi procedurami jakości
• współpracę z klinikami onkologicznymi i chirurgii (m.in. chirurgii piersi)
• zapewnienie prawidłowego łańcucha custody materiału biologicznego (od pacjenta do biobanku)
• zbieranie i analizowanie danych pacjentów

• Nadzór nad realizacją programu WIB i dokumentacją programową
• Współpraca z Ministerstwem Nauki i Szkolnictwa Wyższego w zakresie zarządzania, wdrażania i monitorowania programu WIB
• Nadzór nad organizowaniem i przeprowadzaniem konkursów
• Zawieranie umów o realizacji i finansowania projektów
• Nadzór nad przyznawaniem środków finansowych na badania zakwalifikowane do finansowania
• Nadzór nad realizacją projektów finansowanych w ramach programu WIB
• Nadzór nad rozliczaniem środków finansowych wydatkowanych w ramach projektów badawczych
• Planowanie i sprawozdawczość w zakresie realizacji programu WIB
• Nadzór nad procesami związanymi z ochroną własności intelektualnej i procesami komercjalizacji
• Aktywny udział w poszukiwaniu odbiorców własności intelektualnej (kontakt z funduszami inwestycyjnymi, udział w konferencjach krajowych i zagranicznych)

• Realizacja zleceń badawczych: wewnętrznych i dla klientów zewnętrznych;
• Utrzymanie wybranej aparatury badawczej w gotowości technologicznej;
• Wykonywanie podstawowych prac serwisowych pod nadzorem doświadczonych specjalistów;
• Obsługa aparatury badawczej, w tym m.in. urządzeń do litografii optycznej, trawienia plazmowego (ICP-RIE), osadzania cienkich warstw (rozpylanie magnetronowe, parowanie wiązką elektronową, ALD), elipsometru – w miarę zdobywanych kompetencji;
• Dokumentowanie i raportowanie wykonanych procesów technologicznych;
• Współpraca przy realizacji projektów naukowych i rozwojowych;
• Udział w pracach związanych z rozwojem technologii zintegrowanych układów fotonicznych;
• Przestrzeganie zasad BHP i procedur pracy w laboratorium clean room.

• Wykonywanie zadań związanych z procesem wytwarzania materiałów i struktur z grupy III-N techniką epitaksji z wiązek molekularnych
• Charakteryzacja wytworzonych materiałów i struktur technikami mikroskopowymi

• Wykonywanie zadań związanych z procesem wytwarzania materiałów i struktur z grupy III-N techniką epitaksji z wiązek molekularnych;
• Charakteryzacja wytworzonych materiałów i struktur technikami powierzchniowymi (XPS, UPS), charakteryzacja struktury krystalicznej techniką XRD;

• Udział w realizacji inwestycji budowlanych, remontów i modernizacji w zakresie infrastruktury o funkcji naukowo-badawczej i biurowej.
• Udział w realizowanych inwestycjach budowlanych, remontów i modernizacji po stronie Inwestora (inwestycje realizowane w miejscu pracy, najczęściej polegające na przebudowie lub rozbudowie budynków zabytkowych oraz budowie obiektów użyteczności publicznej.
• Przygotowanie harmonogramów prac, kosztorysów, koncepcji, opisów.
• Przygotowanie dokumentacji przetargowej na realizację prac projektowych i budowlanych na podstawie Prawa Zamówień Publicznych.
• Asystowanie i pomoc w pracy inspektorom nadzoru w procesach realizacji odbioru prac budowlanych
• Udział w przeglądach budowlanych użytkowanych budynków i prowadzenie książek obiektów budowlanych.
• Kontakt z organami administracji państwowej i instytucjami zewnętrznymi.
• Kontrola budżetu realizowanych inwestycji.
• Zajmowanie się obiegiem i archiwizacją dokumentacji w ramach pracy działu remontowo-inwestycyjnego

• Identyfikacja badań i technologii o potencjale komercjalizacyjnym – zbieranie i archiwizacja danych dotyczących technologii
• Budowanie, rozwijanie i zarządzanie portfelem praw własności intelektualnej Instytutu, w tym przygotowywanie rekomendacji strategicznych oraz opinii na temat komercyjnego potencjału rozwiązań naukowych
• Wspieranie zespołów badawczych w rozwoju technologii, opracowywaniu ścieżek komercjalizacyjnych oraz przygotowaniach do patentowania i wdrożenia
• Przeprowadzanie analiz rynkowych oraz patentowych na ukierunkowanych na potrzeby rynkowe oraz ocenę potencjału wdrożeniowego rezultatów badań
• Udział w ewaluacji projektów badawczych oraz ich rezultatów
• Nadzór nad realizacją projektów pod kątem odpowiedzi na potrzeby rynkowe oraz
• Opracowywanie wycen technologii w oparciu o badania rynkowe
• Inicjowanie, rozwijanie i utrzymywanie relacji z partnerami zewnętrznymi w celach ochrony własności intelektualnej, transferu technologii i komercjalizacji wyników badań
• Czynny udział w kształtowaniu strategii komercjalizacyjnej i rozwojowej Instytutu
• Przygotowywanie dokumentów prawnych oraz umów z zakresu ochrony i transferu technologii
• Inicjowanie, rozwijanie i utrzymywanie relacji z partnerami klinicznymi w celach ochrony własności intelektualnej, transferu technologii i komercjalizacji wyników badań;
• Przygotowywanie oraz koordynacja dokumentacji prawnej związanej z ochroną i komercjalizacją własności intelektualnej;
• Udział w negocjacjach oraz wsparcie formalne i operacyjne procesów przekazywania praw do technologii, licencjonowania lub wspólnego rozwoju technologii z podmiotami leczniczymi;
• Współpracy nauki z otoczeniem klinicznym; · praca nad opracowaniem przewodnika wdrażania narzędzia RESET wraz z kluczowym personelem odpowiedzialnym za nadzór nad wdrożeniem procedury, w tym dyrektorami medycznymi, koordynatorami opieki oraz przedstawicielami zespołów pielęgniarskich i medycznych.